Le CESAG est géré par un Directeur Général nommé par le Conseil d'Administration. Il est assisté dans ses fonctions par un Secrétaire Général et deux (02) Conseillers.

Pour mener à bien ses activités, le Centre s'est doté d'un organigramme entré en vigueur au mois de novembre 2014. Il s'articule comme suit :

Un Commissaire aux Comptes, également nommé par le Conseil d'Administration, est chargé de la vérification des comptes.

Le CESAG regroupe en son sein six (06) écoles spécialisées dans différents domaines du management dont :

. Un programme de Master en Banque et Finance créé par la BCEAO, la BEAC et la Banque de France et soutenu financièrement par l'ACBF et l'Union Européenne fonctionne sous forme de projet directement rattaché au Directeur Général et dirigé par un coordonnateur.

Il a été créé également une Cellule FOAD et Innovation Pédagogique, chargée de l'organisation et du déroulement de la formation à distance pour deux (02) programmes.

Le Centre est également doté de deux directions d'appui :